Beyin haritalama işlemi, oldukça konforlu ve ağrısız bir uygulamadır. Kişinin başına özel bir EEG başlığı yerleştirilir. Bu başlıkta yer alan elektrotlar, beyin yüzeyindeki elektriksel aktiviteyi ölçer. İşlem sırasında beynin ürettiği doğal sinyaller pasif olarak kaydedilir.
Kayıt süresi genellikle 10 ila 20 dakika arasında sürer ve kişi bu süre boyunca gözleri açık ve kapalı şekilde dinlenir. Elde edilen sinyaller daha sonra özel yazılımlar aracılığıyla analiz edilir. Bu analiz sonucunda, beynin farklı bölgelerinde hangi frekanslarda (delta, teta, alfa, beta, yüksek beta gibi) ne düzeyde aktivite olduğu belirlenir.
Bu bilgiler, normatif veri tabanlarıyla karşılaştırılır ve kişinin yaşına, cinsiyetine ve klinik durumuna göre anlamlı farklılıklar varsa ortaya konur. Sonuçta kişinin beyin aktivitesini gösteren bir “beyin haritası” elde edilir.